哈尔滨市卫生局成立于1946年。1968年10月，成立哈尔滨市革命委员会卫生组。1970年10月，改名为哈尔滨市革命委员会卫生局领导小组。1973年7月，重新成立哈尔滨市卫生局。2014年8月，与市计划生育委员会组建市卫生和计划生育委员会。

接收进馆的档案形成于1950年至2013年，检索工具有簿式目录和机读目录。

档案主要内容有：局党组、行政会议记录；全市卫生工作计划、规划、总结、统计材料；有关编制、人事劳资材料；关于医政、药政、防疫方面的材料；关于妇幼保健、计划生育、爱国卫生运动、红十字会工作材料；有关医学科研成果报告和鉴定材料等。